微波滅菌對于袋裝或瓶裝食品，微波憑借極強(qiáng)的穿透力，能穿透包裝和包裝內(nèi)的食品、藥品進(jìn)行干燥殺菌，而包裝材料如PET塑料、玻璃、紙張、陶瓷等，因其不吸收微波，所以不會發(fā)熱，這樣產(chǎn)品更衛(wèi)生，避免二次污染。不過需要注意的是，由于金屬、鋁箔可以反射微波而不被穿透，所以包裝材料不能采用金屬材料或者含有金屬成分（如貼有鋁箔的塑料薄膜）。其次，用微波處理袋裝或瓶裝藥、食品時，因包裝內(nèi)的食品、藥品會發(fā)熱，造成氣壓升高，如果完全密封且氣壓過大，氣壓可能會沖破包裝。解決的方法有： 

1、先用微波殺菌然后迅速密封或加蓋。
2、密封后放置要壓力容器內(nèi)再用微波殺菌。
3、真空包裝后再用微波殺菌。

在袋裝食品的殺菌保鮮問題上，微波的穿透性、不破壞營養(yǎng)成分和低溫殺菌等點(diǎn)，呈現(xiàn)出明顯的優(yōu)越。萊蕪雪野湖雪野魚食品廠廠選用2450兆赫微波，對袋包雪野魚，熏魚、叉燒、麻雀、肉松等熟食品的殺菌處理，細(xì)菌殺滅率在95%以上。

實踐表明微波殺菌可廣泛用于各種熟食品（魚、肉、豆制品、醬菜等）和飲料。近年來魚片干的市場需求不斷增長，部分產(chǎn)品還遠(yuǎn)銷國外，但長期以來均因缺乏有效殺菌手段而出現(xiàn)產(chǎn)品霉變現(xiàn)象，采用2450兆赫10千瓦微波處理設(shè)備，不僅具有加熱干燥功能而且有殺菌滅酶效果，現(xiàn)已廣泛應(yīng)用于魚片烘干和熟化烘烤，節(jié)能效果50%以上，魚片酥軟可口。

  如常規(guī)熱力處理的蔬菜保留的維生素C是46-50％，而微波處理是60-90％，常規(guī)加熱豬肝維生素A保持為58％，而微波加熱為84％。節(jié)約能源：常規(guī)熱力殺菌往往在環(huán)境及設(shè)備上存在熱損失，而微波是直接對食品進(jìn)行作用處理，因而沒有額外的熱能損耗。相比而言，一般可節(jié)電30-50％。均勻徹底：常規(guī)熱力殺菌是從物料表面開始，然后通過熱傳導(dǎo)傳至內(nèi)部。存在內(nèi)外溫差。為了保持食品風(fēng)味，縮短處理時間，往往食品內(nèi)部沒有達(dá)到足夠溫度而影響殺菌效果。由于微波具有穿透作用，對食品進(jìn)行整體處理時，表面和內(nèi)部都同時受到作用，所以消毒殺菌均勻、徹底。便于控制:微波食品殺菌處理，設(shè)備能即開即用，沒有常規(guī)熱力殺菌的熱慣性，操作靈活方便，微波功率能從零到額定功率連續(xù)可調(diào)、傳輸速度從零開始連續(xù)調(diào)整，便于控制。

設(shè)備簡單，工藝先進(jìn):與常規(guī)消毒殺菌相比，微波殺菌設(shè)備不需要鍋爐、復(fù)雜的管道系統(tǒng)、煤場和運(yùn)輸車輛等，只要具備水、電基本條件即可。附：肉類呈味調(diào)味料的微波加工工藝：濃縮膏狀物——進(jìn)料系統(tǒng)——進(jìn)料能量抑制器——微波干燥加熱箱——出料能量抑制器——冷卻系統(tǒng)——出料打碎系統(tǒng)。